ポケモン図鑑を託された個性豊かな図鑑所有者たちが、悪の勢力と戦いながら成長する物語。各章ごとに異なる主人公が登場し、ドラマ性の高いシリアスな展開が特徴。ジムリーダーや四天王も悪役として登場することがあり、ゲームとは一味違うバトルが繰り広げられる。ポケモンの技や特性も巧妙に組み込まれた、深みのあるストーリーが魅力。