椚ヶ丘中学校の3年E組に突如現れた謎の生物、殺せんせー。彼は「来年3月までに自分を殺せなければ地球を破壊する」と宣言し、担任教師を名乗る。マッハ20で飛び、月の大部分を破壊した恐るべき存在に、生徒たちは100億円の報酬をかけて挑む。しかし、殺せんせーの指導で生徒たちの学校生活は一変。暗殺教室で繰り広げられる前代未聞の物語が今、幕を開ける。